| 順位 | 1999 | 2000 | 2001 | 2002 | 2003 | 2004 | 2005 |
| １ | 仙台育英(宮城) 2：05：04 |
大牟田(福岡) 2：04：48 |
仙台育英(宮城) 2：03：46 |
西脇工(兵庫) 2：04：03 |
仙台育英(宮城) 2：02：07 |
仙台育英(宮城) 2：01：32 |
仙台育英（宮城） 2：05：04 |
| ２ | 西脇工(兵庫) 2：05：06 |
仙台育英(宮城) 2：04：49 |
九州学院(熊本) 2：04：01 |
白石(佐賀) 2：04：12 |
佐久長聖(長野) 2：04：30 |
豊川工(愛知) 2：04：49 |
世羅（広島） 2：06：04 |
| ３ | 佐久長聖(長野) 2：05：18 |
鹿児島実(鹿児島) 2：06：00 |
西脇工(兵庫) 2：04：57 |
大牟田(福岡) 2：04：59 |
西脇工(兵庫) 2：04：49 |
東京農大二(群馬) 2：04：55 |
豊川工（愛知） 2：06：07 |
| ４ | 埼玉栄(埼玉) 2：06：01 |
小林(宮崎) 2：06：06 |
田村(福島) 2：05：03 |
洛南(京都) 2：05：08 |
倉敷(岡山) 2：05：47 |
報徳学園(兵庫) 2：05：23 |
佐久長聖（長野） 2：06：27 |
| ５ | 報徳学園(兵庫) 2：06：39 |
佐久長聖(長野) 2：06：36 |
佐久長聖(長野) 2：05：14 |
倉敷(岡山) 2：05：25 |
大牟田(福岡) 2：05：47 |
上野工(三重) 2：05：41 |
報徳学園（兵庫） 2：06：43 |
| ６ | 美馬商(徳島) 2：06：49 |
土岐商(岐阜) 2：06：52 |
諌早(長崎) 2：05：36 |
仙台育英(宮城) 2：05：28 |
東京農大二(群馬) 2：05：47 |
鹿児島実(鹿児島) 2：05：41 |
埼玉栄（埼玉） 2：06：44 |
| ７ | 中京大中京(愛知) 2：06：50 |
豊川工(愛知) 2：06：54 |
大牟田(福岡) 2：06：07 |
佐久長聖(長野) 2：05：30 |
田村(福島) 2：05：53 |
一関学院(岩手) 2：05：42 |
青森山田（青森） 2：07：24 |
| ８ | 大牟田(福岡) 2：06：51 |
白石(佐賀) 2：07：25 |
豊川工(愛知) 2：06：10 |
豊川工(愛知) 2：06：10 |
一関学院(岩手) 2：05：54 |
田村(福島) 2：05：44 |
洛南(京都) 2：07：29 |
| 長崎 | 鎮西学院 2：10：22（38） |
諌早(長崎) 2：09：16(24) |
諌早(長崎) 2：05：36(6) |
諌早(長崎) 2：09：21(23) |
諌早(長崎) 2：08：47(28) |
諌早(長崎) 2：07：01(17) |
諌早(長崎) 2：08：48(22) |
| 順位 | 1999 | 2000 | 2001 | 2002 | 2003 | 2004 | 2005 |
| １ | 筑紫女学園(福岡) 1：:07：59 |
立命館宇治(京都) 1：08：05 |
諌早(長崎) 1：08：10 |
筑紫女学園(福岡) 1：08：24 |
須磨学園(兵庫) 1：07：46 |
諫早(長崎) 1：07：33 |
興譲館(岡山) 1：06：54 |
| ２ | 須磨学園(兵庫) 1：08：00 |
須磨学園(兵庫) 1：08：41 |
筑紫女学園(福岡) 1：08：35 |
神村学園（鹿児島） １：08：50 |
諫早(長崎) 1：08：29 |
興譲館(岡山) 1：07：47 |
須磨学園(兵庫) 1：07：49 |
| ３ | 諌早(長崎) 1：08：08 |
諌早(長崎) 1：08：43 |
神村学園（鹿児島） 1：08：43 |
須磨学園(兵庫) 1：09：03 |
県西宮(近畿) 1：08：32 |
須磨学園(兵庫) 1：07：49 |
常磐(群馬) 1：08：44 |
| ４ | 立命館宇治(京都) 1：09：33 |
仙台育英（宮城） 1：09：20 |
須磨学園(兵庫) 1：08：54 |
諌早(長崎) 1：09：16 |
立命館宇治(京都) 1：08：41 |
常磐(群馬) 1：09：18 |
諫早(長崎) 1：08：53 |
| ５ | 白石(佐賀) 1：09：56 |
信愛女学院(熊本) 1：09：23 |
市立船橋(千葉) 01：:09：42 |
熊本千原台(熊本) 1：09：29 |
筑紫女学園(福岡) 1：08：45 |
筑紫女学園(福岡) 1：09：26 |
神村学園（鹿児島） 1：09：03 |
| ６ | 神村学園（鹿児島） 1：10：01 |
中京大中京(愛知) 1：09：55 |
仙台育英（宮城） 1：09：46 |
鳥取中央育英(鳥取) 1：10：03 |
戸畑商(北九州) 1：08：50 |
仙台育英(宮城) 1：09：33 |
埼玉栄（埼玉） 1：09：15 |
| ７ | 鶴崎工(大分) 1：10：01 |
筑紫女学園(福岡) 1：10：03 |
埼玉栄(埼玉) 1：09：49 |
仙台育英（宮城） 1：10：09 |
興譲館(岡山) 1：08：59 |
小林(宮崎) 1：09：35 |
仙台育英（宮城） 1：09：25 |
| ８ | 如水館(広島) 1：10：05 |
米子松蔭(鳥取) 1：:10：:04 |
立命館宇治(京都) 1：09：51 |
立命館宇治(京都) 1：10：14 |
仙台育英(宮城) 1：09：07 |
大分西(大分) 1：09：48 |
市船橋(千葉) 1：09：28 |